Чакра - это внутренняя энергия, необходимая для использования техник в ниндзюцу. Ее источники - внутренняя энергия клеток и физическая/ментальная энергия, накопленная в результате тренировок. Количество чакры, затрачиваемой на техники, зависит от их сложности и мастерства шиноби. Система циркуляции чакры включает в себя 361 тенкетсу, манипулируя которыми, шиноби может усиливать или ослаблять потоки чакры. Бьякуган и тайдзюцу клана Хьюго позволяют видеть систему циркуляции энергии другого человека и атаковать его тенкетсу.